|
|
Přímé sestavování genomových signálů ze sekvenace nanopórem
Karmazinová, Inna ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá hledáním překryvů mezi signály ze sekvenace nanopórem z přístroje MinION verze R9. Teoretická část se věnuje metodám sestavování genomu – hladovým algoritmům, dále grafovým overlap-layout-consensus (OLC) a de Bruijnovým grafům. Novým přístupem je sekvenování nanopórem a sestavování genomu z těchto dat. Oxford Nanopore Technologies představili přístroj MinION, který zjednodušuje sekvenování s využitím změny proudu při průchodu DNA nanopórem. Chybovost přístroje je stále vysoká, problém nastává při překladu signálu do nukleotidů. S využitím rozdílového signálu, případně i dynamického borcení časové osy, je možné nalézt překryvy mezi jednotlivými signály. Sestavování genomu s využitím původního signálu z MinION, by mohlo zlepšit přesnost metody.
|
|
| |
|
|
Monotone functions avoiding majorities
Petr, Jan ; Barto, Libor (vedoucí práce) ; Mottet, Antoine (oponent)
V posledních pěti letech byl jedním ze zkoumaných témat výpočetní složitosti takzvaný Promise Constraint Satisfaction Problem (PCSP), který pokrývá různorodé výpočetní problémy. V této práci nejprve zavedeme PCSP a následně se zaměříme na stále otevřenou otázku výpočetní složitosti PCSP nad "monotónními folded Boolovskými strukturami". Brakensiek a Guruswami v roce 2016 dokázali, že PCSP patří do třídy P, pokud se všechny liché majority řadí mezi polymorfismy mezi námi uvažovanými strukturami. My se zaměříme se na situaci, kdy některé z majorit polymorfismy ne- jsou. Představíme si postup pro dokazování NP-úplnosti daného PCSP, který zavádí pojem "těžkých množin". Pomocí tohoto přístupu se nám podaří ukázat, že nepří- tomnost 3-majority mezi polymorfismy již implikuje NP-úplnost. Pro případ nepří- tomnosti 5-majority uvedeme několik částečných výsledků. Nakonec určíme velikost nej- menší těžké množiny pro speciální množinu funkcí. 1
|
|
|
Přímé sestavování genomových signálů ze sekvenace nanopórem
Karmazinová, Inna ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá hledáním překryvů mezi signály ze sekvenace nanopórem z přístroje MinION verze R9. Teoretická část se věnuje metodám sestavování genomu – hladovým algoritmům, dále grafovým overlap-layout-consensus (OLC) a de Bruijnovým grafům. Novým přístupem je sekvenování nanopórem a sestavování genomu z těchto dat. Oxford Nanopore Technologies představili přístroj MinION, který zjednodušuje sekvenování s využitím změny proudu při průchodu DNA nanopórem. Chybovost přístroje je stále vysoká, problém nastává při překladu signálu do nukleotidů. S využitím rozdílového signálu, případně i dynamického borcení časové osy, je možné nalézt překryvy mezi jednotlivými signály. Sestavování genomu s využitím původního signálu z MinION, by mohlo zlepšit přesnost metody.
|
host ::
RSS.